Yamaha Motor Co., Ltd. nasce il 1° luglio 1955 in Giappone, con Genichi Kawakami come primo presidente; oggi ha sede a Iwata, nella prefettura di Shizuoka. Il primo prodotto è una motocicletta da 125 cm³, la YA-1. È un'azienda diversa da Yamaha Corporation, quella degli strumenti musicali fondata nel 1887: le due condividono il nome e il diapason nel marchio, non i motori.
L'idea del fuoribordo arriva da un viaggio: nel 1953 Kawakami passa 90 giorni fra Stati Uniti ed Europa e si convince che la nautica da diporto arriverà anche in Giappone. Nel 1960 esce il P-7, il primo fuoribordo Yamaha: 7 CV, 123 cm³, due tempi raffreddato ad aria, pensato per le barche da pesca costiera giapponesi. Un anno dopo il P-3 da 3 CV, con parti in lega di alluminio pressofuse, è il modello che fa accettare il marchio sul mercato.
Da lì il resto: l'esportazione nel 1967, la filiale europea Yamaha Motor Europe N.V. nei Paesi Bassi nel 1968, la ricerca sul quattro tempi avviata nel 1975, quindici anni prima delle norme americane sulle emissioni, e nel 1984 il primo quattro tempi Yamaha, l'F9.9A. Nel 2001 l'F225A è il primo quattro tempi al mondo oltre i 200 CV; nel 2013 la produzione totale di fuoribordo supera i 10 milioni di unità.
A fine 2025 Yamaha Motor contava 55.176 dipendenti nel gruppo e un fatturato consolidato di 2.534.200 milioni di yen nel 2025; l'Europa vale il 13,6 per cento del totale. In Europa, Italia compresa, i fuoribordo arrivano attraverso Yamaha Motor Europe N.V., l'importatore del gruppo. Dal 10 gennaio 2025 il marchio ha un nuovo logo, piatto, disegnato per gli schermi: è quello che vedete in cima a questa pagina. Nello stesso anno Yamaha Motor ha compiuto 70 anni.